在南京，如果发生交通事故，当事人可以选择以下方式之一进行起诉：
1. 直接起诉：可以直接向有管辖权的法院提起诉讼。根据《民事诉讼法》第二十八条，因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖。因此，在南京发生的交通事故中，原告可以选择到事故发生地的法院或被告住所地的法院提起诉讼。
2. 以事故责任认定书为依据起诉：在某些情况下，可能需要先经过交警部门对事故的责任进行认定。此时，可以将事故责任认定书作为重要证据，并依据该认定书起诉对方。
3. 委托律师代理：在起诉前，建议委托专业律师代理，律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更有效地维护自己的权益。
在起诉时，需要准备以下材料：
1. 民事起诉状：详细阐述事故经过、责任认定结果以及自己的诉求。
2. 身份证明：提供原告和被告的身份证明文件。
3. 事故责任认定书：如果有，需要提供交警部门出具的事故责任认定书。
4. 证据材料：包括现场照片、医疗记录、证人证言等，用于支持自己的主张。
请注意，以上信息仅供参考，具体流程和所需材料可能因实际情况而有所不同。建议咨询专业律师获取更详细和准确的信息。
