私底下签署的股权协议是否有效，主要取决于该协议是否符合《民法典》的相关规定。
根据《民法典》第一百四十三条的规定，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方当事人都是完全民事行为能力人，那么这份协议就是有效的。对于股权协议来说，只要符合上述条件，且双方当事人自愿签订，没有欺诈、胁迫等情形，协议内容合法，那么这份协议就是有效的。
此外，需要注意的是，根据《公司法》第二十二条的规定，公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。由此也可以看出，如果协议内容涉及到公司的权利义务，那么该协议还需要经过公司股东会或者股东大会、董事会的决议才能生效。
因此，在签署私底下股权协议之前，建议咨询专业的律师或者法律顾问，确保协议的内容合法、有效，以免日后产生不必要的纠纷。
