合作协议纠纷的诉讼管辖法院取决于多个因素，包括合同中的约定以及法律的相关规定。以下是一些常见的情况：
1. 合同约定：如果合作协议中明确约定了管辖法院，那么应按照合同约定执行。这通常是醉直接、醉有效的解决方式。
2. 被告住所地或合同履行地法院：在没有合同约定或约定不明确的情况下，根据《民事诉讼法》的规定，合同纠纷可以由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
3. 协议管辖：在某些情况下，当事人可以协商一致，约定由某一法院管辖。
4. 专属管辖：某些特定类型的案件，如涉及不动产的纠纷，可能受到专属管辖的限制。
5. 级别管辖：除了地域管辖外，还涉及到案件的级别管辖，即案件应由哪一级法院进行审理。
在中国法律体系中，《民事诉讼法》及其相关司法解释对合同纠纷的管辖有明确规定。例如：
- 根据《民事诉讼法》第二十三条，因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
- 根据《民事诉讼法解释》第十八条，合同约定履行地点的，以约定的履行地点为合同履行地。合同对履行地点没有约定或者约定不明确，争议标的为给付货币的，接收货币一方所在地为合同履行地；交付不动产的，不动产所在地为合同履行地；其他标的，履行义务一方所在地为合同履行地。即时结清的合同，交易行为地为合同履行地。
因此，在处理合作协议纠纷时，建议首先查阅合同中的管辖条款，如果没有明确约定，应根据上述原则确定有管辖权的法院，并考虑是否涉及专属管辖的问题。如有必要，可以咨询专业律师以获取更详细的法律建议。
