如果两次婚姻离婚不在同一个民政部门办理，是可以查到的。
根据《民法典》第一千零七十六条和第一千零七十八条规定，婚姻登记机关在办理离婚登记时，会进行审查，如果发现离婚协议书中存在隐瞒、欺骗等情形，或双方未共同向婚姻登记机关递交离婚登记申请，或离婚冷静期后的再次申请未获准许等情形，婚姻登记机关会不予受理离婚登记申请，并予以登记。此外，《民法典婚姻家庭编解释（一）》第六十三条也明确指出，婚姻登记机关在调查处理重婚罪案件过程中，发现当事人在办理离婚登记时，存在隐瞒离婚事实，或伪造、变造、买卖、同居等行为，将撤销该婚姻登记，并处以罚款。
因此，如果第一次离婚时存在上述情形，即使第二次离婚不在同一个民政部门办理，相关机构也可以通过内部系统查询到之前的离婚记录。
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