吉林合作纠纷打官司的管辖法院主要包括以下几种：
1. 一般管辖法院：根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条的规定，合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。因此，在吉林地区，合作纠纷的一般管辖法院为被告住所地或合同履行地的基层人民法院。
2. 特殊管辖法院：如果合作双方有有效的仲裁协议，且仲裁协议符合相关法律规定，那么可以向仲裁机构所在地的中级人民法院提起诉讼。此外，如果合作纠纷涉及到特定的不动产，如房产，且案件标的额符合特定标准，也可以由不动产所在地的中级人民法院管辖。
3. 协议管辖：在合作双方自愿协商的基础上，可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。
需要注意的是，以上信息仅供参考，具体的管辖法院可能会因案件的具体情况而有所不同。因此，在提起诉讼前，建议咨询专业律师以获取准确的信息和法律建议。
