善意虚开增纸税发票补缴所得税的计算主要涉及到企业所得税的调整。以下是具体的计算步骤和考虑因素：
1. 确定应纳税所得额：
- 首先，需要确定因虚开增纸税发票而产生的应纳税所得额。这通常是根据虚开金额、税额以及适用的税率来计算。
- 如果虚开的是专用发票，根据《增纸税暂行条例实施细则》的规定，还要按照该细则第十一条规定计算销项税额。
- 如果虚开的是普通发票，需按票面金额计算销项税额。
2. 确定税率：
- 根据企业所属行业确定适用的税率，小规模纳税人使用3%征收率，一般纳税人使用9%、13%、17%等税率。
3. 计算应补税款：
- 应补税款=（虚开金额+税额）×适用税率。
4. 计算补缴所得税：
- 补缴所得税=应补税款×企业所得税税率。
- 企业所得税税率一般为25%，但符合条件的小型微利企业可能享受20%的优惠税率，国家需要重点扶持的高新技术企业可能适用15%的优惠税率。
5. 考虑其他调整因素：
- 如果存在其他税务违规行为，如偷税等，可能还需要进行额外的税务调整。
- 根据相关税法规定，可能还需要加计扣除或抵免等。
6. 实际操作注意事项：
- 在实际操作中，建议咨询专业的税务顾问或税务机关，以确保计算的准确性和合规性。
- 补缴税款后，应及时向当地税务局申报并缴纳滞纳金。
请注意，以上内容仅供参考，具体计算方法和结果可能因地区、行业、具体业务等因素而有所不同。在实际操作中，请务必遵循相关法律法规和税务部门的规定。
