在中国，公安机关负责刑事案件的立案侦查。如果发现有包庇毒品犯罪分子的行为，公安机关会按照以下步骤进行立案侦查：
1. 接到报案：群众或者相关单位可以向公安机关报案，提供涉嫌包庇毒品犯罪分子的线索。
2. 初步调查：公安机关接到报案后，会迅速进行初步调查，了解案件的基本情况。如果初步调查结果显示有犯罪嫌疑，公安机关会立案侦查。
3. 侦查措施：在立案侦查过程中，公安机关会采取一系列侦查措施，包括现场勘查、询问证人、搜集证据、追踪涉案人员等。
4. 证据收集：公安机关会对案件中的证据进行收集和整理，包括物证、书证、证人证言、犯罪嫌疑人供述等。
5. 审查起诉：在收集到足够的证据后，公安机关会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关会对证据进行审核，确认犯罪事实清楚、证据确凿的，会向法院提起公诉。
6. 审判过程：法院接到检察院的起诉书后，会组织庭审，对犯罪嫌疑人进行审判。在审判过程中，法院会根据证据和法律规定，判断犯罪嫌疑人是否有罪，并作出相应的判决。
需要注意的是，公安机关立案侦查的案件必须遵循法律程序，保障犯罪嫌疑人的合法权益。在整个过程中，犯罪嫌疑人有权聘请律师为其提供法律援助。
