军人协议离婚的程序与普通公民协议离婚的程序相同，但需要遵循一些特殊规定。以下是军人协议离婚的程序：
1. 军人协议离婚的机关：可以由团级以上单位的政治机关，也可以由夫妻双方所在单位共同委托的机关。
2. 军人协议离婚的条件：必须征得军人同意，且军人一方有重大过错。
3. 离婚登记：申请离婚登记时应当出具下列证件和证明材料：(一)本人的户口簿、身份证；(二)本人的结婚证；(三)双方当事人共同签署的离婚协议书。其中，离婚协议书应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
此外，军人协议离婚的程序还受到以下特殊规定的约束：
1. 协议离婚的主管机关：只能由县、区级民政局婚姻登记机关管辖。
2. 军人的离婚，应当征得军人同意，但军人一方有重大过错除外。
3. 协议离婚的程序：申请—受理—冷静期—审查—登记（发证）。
4. 军人的特殊情况：现役军人申请离婚的，必须要经过军人的所在部队团级以上单位的政治机关同意，并出具同意离婚的证明。
法律依据：
《民法典》第一千零七十六条，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十八条，婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
第一千零八十一条，现役军人的配偶要求离婚，应当征得军人同意，但是军人一方有重大过错的除外。
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