如果起诉离婚时结婚证丢失，可以采取以下步骤处理：
1. 申请补办结婚证：
- 如果结婚证由夫妻双方共同遗失或损毁，可以先向原办理结婚登记的民政局或婚姻登记处申请补办结婚证。
- 提交相关证明材料，如身份证、户口簿、两张两寸近期免冠照片等，并说明结婚证遗失的情况。
- 婚姻登记机关对材料进行审查，符合规定的，予以补发结婚证。
2. 开具已婚证明：
- 如果结婚证丢失，但夫妻双方仍希望保留婚姻关系证明，可以向民政局申请开具已婚证明。
- 已婚证明具有与结婚证同等的法律效力，可以在起诉离婚时作为证据使用。
3. 提交婚姻关系证明：
- 在起诉离婚时，除了结婚证外，还可以提交婚姻关系证明，如婚姻登记证明、结婚登记记录等。
- 这些证明文件可以帮助法院了解夫妻关系的存在和婚姻状况。
4. 寻求法律帮助：
- 如果在结婚证补办过程中遇到困难，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师可以根据具体情况提供法律建议和解决方案。
5. 考虑诉讼调解：
- 在某些情况下，法院可能会先进行调解，尝试帮助夫妻双方解决矛盾并挽回婚姻。
- 如果调解无果，再进入离婚诉讼程序。
需要注意的是，以上建议仅供参考，具体操作还需根据当地法律法规和实际情况进行。如有需要，请咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
