在离婚时，共同经营的网店应当按照夫妻双方的贡献进行合理分配。具体方法可以由双方协商确定，如果协商不成，可以请求人民法院对夫妻共同财产进行分割。
一般来说，合伙经营的企业，其资产由合伙人按出资比例共有。如果合伙协议没有约定或者约定不明确，且难以确定财产性质的，应当认定为夫妻共同财产，对于共同财产部分，首先由双方协商决定如何分割，如果协商不成，可以请求人民法院根据照顾子女、女方和无过错方权益的原则进行判决。
此外，如果网店是由一方婚前创立，但婚后共同经营，那么在离婚时，另一方有权主张分得相应的收益或增纸部分。具体的分割方式可以由双方协商确定，如果协商不成，可以请求人民法院进行判决。
总之，在离婚时，共同经营的网店应当按照夫妻双方的贡献进行合理分配，需要遵守夫妻约定优先、男女平等、照顾子女和女方权益以及有利于生产经营和生活便利的原则。如果遇到具体问题，可以寻求专业律师的帮助。
