在海南确认合同效力纠纷的案件中，诉讼时效的计算主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定。具体时效期限如下：
1. 一般诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
2. 特殊诉讼时效：对于请求支付租金、工资等定期给付的债权，以及法律另有规定的其他债权，诉讼时效期间为一年。这是因为这些债权的清偿期通常较长，为了保护债权人的长期利益，法律规定了较短的诉讼时效。
3. 醉长权利保护期间：自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
在确认合同效力的案件中，诉讼时效的计算还需注意以下几点：
* 如果合同被确认无效或被撤销，当事人可以请求返还财产或赔偿损失。此时，应注意诉讼时效的起算点为合同被确认无效或被撤销之日起。
* 如果合同效力纠纷涉及合同履行过程中产生的债权，如违约金、利息等，这些债权的诉讼时效可能受到相关法律规定或合同约定的影响。
* 在诉讼时效期间的醉后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，诉讼时效会中止。中止期满后，诉讼时效期间继续计算。
综上所述，在海南确认合同效力纠纷的案件中，诉讼时效的计算应遵循《中华人民共和国民法典》的相关规定，并结合具体案情进行分析。如有需要，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
