公安机关在办理治安案件时，对实施违法行为的工具通常会采取以下措施进行处理：
1. 扣押：如果发现用于违法行为的工具，公安机关有权依法扣押。这是为了防止证据丢失或被破坏，并确保后续调查工作的顺利进行。
2. 查封：对于某些可能涉及违法犯罪的物品，公安机关还可以进行查封。查封的目的是限制这些物品的使用、转让或处置，以防止其继续被用于违法行为。
3. 没收：对于严重违反治安管理规定的行为，公安机关有权对违法所得的财物进行没收。这包括非法所得、作案工具等。
4. 销毁：对于一些无法再利用的违法工具，公安机关可以依法予以销毁。销毁是为了防止这些工具被再次使用，从而减少安全隐患。
5. 随案移送：如果扣押、查封、没收的物品与案件有关联，公安机关可以将这些物品随案移送至人民检察院，在起诉时作为证据使用。
需要注意的是，公安机关在处理违法工具时，应当遵循合法、公正、公开的原则，确保程序合法合规。同时，公安机关还应当妥善保管好扣押、查封、没收的物品，不得挪作他用。
