当公司员工因公受伤并进入医疗期时，根据相关法律法规，公司应按照以下方式发放工资：
1. 停工留薪期工资：在医疗期内，员工应享受停工留薪的待遇。这意味着员工在医疗期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，但如果伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认后，可以适当延长，但延长的期限也不得超过12个月。
2. 病假工资：如果员工因公受伤无法继续工作，可以申请病假。在病假期间，员工应享受病假工资待遇。病假工资的计算方式通常是根据员工的工龄和月工资来确定的。具体来说，病假工资或疾病救济费可以低于当地醉低工资标准支付，但不能低于醉低工资标准的80%。
需要注意的是，不同地区的具体规定可能略有差异。因此，在实际操作中，建议参考当地的《劳动法》、《劳动合同法》以及相关的实施细则，以确保合规合法地处理员工的工资问题。
此外，如果用人单位在员工工伤治疗期间解除劳动合同，可能会面临法律责任。根据《劳动合同法》第四十二条的规定，劳动者在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的；患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。如果用人单位违反法律规定解除或终止劳动合同，那么需要向劳动者支付赔偿金，赔偿金的数额是按经济补偿标准的二倍来计算的。
以上信息仅供参考，如有需要，建议咨询专业律师。
