根据您提供的情况，您们未领证但已经有两个孩子，大的两岁三个月，小的三个月。现在您想分开，关于孩子的抚养问题，可以参考以下建议：
1. 协商解决：您可以与对方协商孩子的抚养问题，包括孩子的抚养权、抚养费用和支付方式等。如果双方能够达成一致意见，可以通过签订协议的方式确定孩子的抚养安排。
2. 诉讼解决：如果协商不成，您可以向人民法院提起诉讼，请求判决孩子的抚养问题。法院将会根据孩子的醉佳利益原则，综合考虑双方的经济条件、教育背景、生活环境等因素，做出公正的判决。
无论您选择哪种方式，都希望您能够以孩子的醉佳利益为出发点，尽可能地减少对孩子的伤害。同时，也建议您及时咨询专业的律师，了解相关的法律法规和程序，以便更好地维护自己和孩子的权益。
