在建立劳动关系时，扣押劳动者的证件是不合法的。根据相关法律法规，企业不得向职工收取货币、实物等作为“入厂押金”，也不得扣留、抵押职工的居民身份证、暂住证和其他个人身份证件。
这些规定主要来源于《劳动部关于严禁用人单位录用职工非法收费的通知》（劳部发〔1995〕346号）和《劳动部关于印发<工资支付暂行规定>的通知》（劳部发〔1994〕489号）。这些通知明确禁止了用人单位在建立劳动关系时向职工收取任何形式的抵押金或抵押物，同时也禁止扣留、抵押职工的身份证件。
如果用人单位存在违法行为，劳动者可以向劳动监察部门举报，以维护自己的合法权益。
