重庆纠纷协议书起诉期限是有限制的，具体如下：
1. 普通诉讼时效：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
2. 醉长权利保护期间：自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
此外，若因产品存在缺陷造成损害要求赔偿的诉讼时效期间为二年，自当事人知道或者应当知道其权益受到损害时起计算。
关于协议书的效力，《民法典》第一百四十三条之规定，具备下列条件的民事法律行为有效：
1. 行为人具有相应的民事行为能力；
2. 意思表示真实；
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
如果双方签订了纠纷协议书，但其中一方不履行或不完全履行，另一方有权根据《民法典》第五百七十七条之规定，请求其承担违约责任。
请注意，以上内容仅供参考，如有需要，建议您寻求专业律师或机构的意见和帮助。
