法院确认劳动关系有诉讼时效的依据主要来源于《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算”。
这一条款确立了劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，也就是说，自当事人知道或应当知道其权利受到侵害之日起，如果超过这一时限，则可能会丧失通过法律途径来维护自己权益的机会。
同时，《醉高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十四条也规定：“劳动争议仲裁机构作出的同一仲裁裁决同时包含终局裁决事项和非终局裁决事项，当事人不服该仲裁裁决向人民法院提起诉讼的，应当按照非终局裁决处理。”
此外，关于确认劳动关系这类确认之诉，也有相关法律规定。《醉高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第一条规定：“劳动者与用人单位之间发生的下列纠纷，属于劳动争议，当事人不服劳动争议仲裁机构作出的裁决，依法提起诉讼的，人民法院应予受理：……（四）劳动者与用人单位因劳动关系是否已经解除或者终止，以及应否支付解除或者终止劳动关系经济补偿金发生的纠纷；……”
对于确认劳动关系这类案件，如果符合条件，当事人可以直接向人民法院提起诉讼，也可以先向劳动争议仲裁机构申请仲裁，对仲裁裁决不服的，再向人民法院提起诉讼。
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